Os bioreactors podem ser classificados segundo critérios vários. Os enzimas podem estar livres em solução e ou células podem estar em suspenção livre ou estar imobilizados em suportes inertes. Do ponto de vista hidrodinâmico poderão ser reactores agitados (com mistura total ou parcial) ou de escoamento de tipo pistão (sem dispersão). Poderão operar continuamente ou descontinuamente. Quando os biocatalizadores (enzimas ou células) são imobilizados em partículas inertes poderão ser de leito fixo ou de leito imobilizado. Neste caso, há que introduzir nos balanços de massa, para além das leis cinéticas das reacções em causa, termos relativos às resistências à transferência de massa quer na região envolvente, externa, da partícula quer no interior da partícula.